La trama se centra en las aventuras y travesuras de Yotsuba Koiwai, una niña adoptada de cinco años de edad, que es enérgica, alegre, curiosa, rara y peculiar. Además de no conocer cosas que cualquier niña de su edad debería saber, como los timbres y los columpios. Todo comienza cuando se muda junto a su padre a una nueva casa y crea amistad con la familia Ayase, sus nuevos vecinos, compuesta por tres hermanas que viven con su madre y su padre quien usualmente viaja.