Con la Restauración Meiji y la abolición del sistema de Samurai, los ninjas vez temidos y respetados fueron forzados a la clandestinidad, a continuar su trabajo en absoluto secreto. En los tiempos modernos, los descendientes de un determinado clan ninja han continuado el legado de sus antepasados mediante el empleo de las artes ninja en su trabajo como guardaespaldas de los ricos y famosos.
La historia gira en torno a Mikage (literalmente, “bella sombra”), una estudiante que procede de una familia de ninjas. Desde que era un niña, la única fuente de consuelo y aliento de Mikage ha sido su jefe, James G. Rod. Rod es una clase, hombre de negocios británico guapo y misterioso que está utilizando ninjas de Shadow Village Company para su seguridad personal.