La historia está ambientada en Japón, un milenio en el futuro. Cinco niños, Saki —la protagonista—, Satoru, Maria, Mamoru y Shun, nacieron y fueron criados en un tranquilo pueblo que puede ser descrito como una utopía. Este mundo está gobernado por gente que tiene el don llamado “Cantus” o “Poder de los Dioses”, una especie de telekinesis. Tras cierto incidente, el grupo de niños se entera de la verdadera naturaleza de su mundo. A medida que transcurre la historia, van conociendo más de su pasado, incluyendo la sangrienta historia que llevó a la humanidad a ese estado.