La historia está ambientada en el Japón de la era Edo. El protagonista, Manji, es un guerrero que tiene una gran ventaja sobre sus rivales: ninguna herida le puede matar. En el pasado, mató a otros 100 samurais, entre ellos el marido de su hermana. Una monja anciana, de la que se dice que tiene 800 años, le concede el don de la inmortalidad mediante unos gusanos llamados kessenchū, que le curan cualquier herida y hasta restauran miembros amputados aunque la amputación haya sido hace horas. La muerte de su hermana le lleva a aceptar la misión que acabará con su inmortalidad: debe matar a 1000 hombres malvados para redimirse. Manji se cruza con una joven llamada Rin Asano y le promete ayudarla a vengar a su familia, que fue asesinada por un grupo de expertos espadachines liderado por Kagehisa Anotsu. Anotsu mató al padre de Rin y a su dojo al completo. La misión de Anotsu es que su dojo, el Ittō-ryū, basado más en la destreza de cada uno que en las técnicas, unifique a todas las escuelas de esgrima del país, y ya ha empezado a tomar o destruir otras escuelas de esgrima. Además, se crea otro grupo llamado Mugai-ryū y opuesto al Ittō-ryū. Su auténtico liderazgo y su motivación son un misterio, pero sus métodos (cualquier táctica que conduzca a la victoria) se parecen a los del Ittō-ryū.